1946年8月，合江军区换主将，方强不再担任军区司令，改为政委，空降贺晋年为司令员。
方强在合江军区任司令员8个月，而他的主要工作就是扩大武装力量，对辖区内匪患进行清剿。从数据上来说，是取得不错的成绩，比如部队由原来800人扩编到9000余人；剿灭土匪也有七千多人。在贺晋年到合江任职时，陈云给省委书记张闻天、司令贺晋年、政委方强写信，指出方强在合江军区工作，从形势根本上起了有利于我们的变化，取得了很大成绩。
既然得到上级认可，他怎么就被改为政委呢？
合江军区是匪患最为严重的地方，从地理位置来说，身处后方。这里虽然没有国民党正规军，可辖区匪患就有2万之众，而且都是政治土匪，受到国民党方面的委任。这里也是我军大后方，部队从进入东北后，重点就是发展根据地建设，没有巩固根据地，得不到老百姓支持，各方面就会不稳定。
即便北满被我军控制，可前线部队打仗，后方也需要稳定，而且是1946年最迫切的任务，就是让开大路，占领两厢，建立根据地。
当时，张闻天被任命为省委书记，方强为军区司令。因为匪患严重，张闻天先留在牡丹江军区，方强率领一些干部前往佳木斯开展工作。
这里有先期抵达的原东北抗联干部，也有他带去的，还有其他一些干部陆续报到，成立省工委、省政府，以及三江人民自治军800多人。
部队力量弱，首要任务就是发展部队，扩大武装，对敌采用集中兵力。对于如何剿匪，因为张闻天不在合江，方强受省工委委托，起草合江战略与军事建军方针，经过讨论通过该文件。至于如何建军，从贺晋年回忆录，以及张闻天夫人刘英回忆录都有记录，就是采取抗战时期“打拉政策”，一些投降的人表面站到革命阵营，实际上钻入我内部趁机抢劫，不遵守纪律。
像孙靖宇为扩大力量，放弃原则，错误地大批收编土匪，给他们合法的地位，对另一个土匪头子孙荣久另眼相看，俩人是叔侄关系。这些人等待时机成熟后纷纷叛变，而且还伤害我党派去的干部。
当时，合江军区在与359旅联合性多次作战，才歼灭土匪六七千人，收复不少土匪控制点，地方加强宣传，才开始转变合江严重局面。
当合江工作处于紧急状态时，张闻天来到佳木斯主持工作，对剿匪政策和方针有不同看法。8月，贺晋年空降合江。张闻天与贺晋年对剿匪政策和扩军方式进行重新制定，也就是说否定了之前的方针政策。因为敌人很狡猾，8个月时间虽然取得一些成绩，并没有从根本上改变。
贺晋年作为剿匪经验丰富的指挥员，对军区进行第三次整编，成立四个军分区，将部队分下去加强军事力量，另外调主力359旅等部配合作战。也即是说，在剿匪时，主要依靠的是我军主力部队，军区的部队在军分区。
过去剿匪就是把敌人打跑，如今就是穷追不舍，让敌人没有喘息之气，最终消灭。这让土匪感到不适应，过去土匪一旦受到被动一跑了之，如今是想跑也甩不开后面追击，被俘的土匪曾经说他们已经连续跑了六天六夜，停留村屯不敢超过一个小时。不仅如此，还掌握敌人粮食补给，断掉粮食供给，这些土匪就慌了。
总长，贺晋年担任司令后，一直在前线剿匪，专注剿匪工作，而政委方强在军区负责其他工作。从俩人回忆录里看得出来，贺晋年与359旅副旅长谭友林一直在前线，没有政委方强。而方强在回忆中也没具体说自己改为政委后负责哪些工作。
因为方强在这个过程中，还受到一些委屈，有些与他一起共事的干部，认为他是有功劳的。不过，剿匪工作在贺晋年指挥下半年后取得胜利。
1949年，他们两位都成为四野的军长，一个指挥44军，一个指挥48军。