申时行辞职了。
他给万历皇帝写了封私信，没想到一着不慎，私信居然变成了公开信。这下捅了马蜂窝，群臣群起而攻之，顶不住压力的申时行只好狼狈辞职，成为万历朝“国本之争”中第一个黯然下课的内阁首辅。
<h1 class="pgc-h-arrow-right">万历想废长立幼</h1>
万历皇帝的长子朱常洛的生母王原为慈宁宫的宫女。一次，万历往慈宁宫请安未遇到太后，恰逢王氏又在旁伺候，万历一时兴起，于是就有了长子朱常洛。
由于生母地位低微，从出生那刻起，朱常洛就不得万历皇帝的欢心，万历甚至私下称其为“都人子”，“都人子”意思就是宫女的儿子。
一次，李太后问万历为什么不封朱常洛为太子，没想到万历脱口而出，他是宫女生的，气的李太后大骂“你也是宫女的儿子。”，万历害怕，趴在地上向太后陪罪，事情才算过去。
帝入侍，太后问故，帝曰：‘彼都人子也。’太后大怒曰：‘尔亦都人子！’帝惶恐，伏地不敢起。（明史·穆宗孝定李太后传）
而这时，深受万历宠爱的郑贵妃，又恰逢其时的生出了皇三子朱常洵，更坚定了万历皇帝废长立幼的决心。
<h1 class="pgc-h-arrow-right">朝臣拥护长子</h1>
与万历皇帝相反，多数大臣并不同意万历皇帝废长立幼，他们纷纷上书，要求早定名分，立朱常洛为太子。
对此，万历皇帝的态度很明确，不理不睬，我行我素，能拖就拖。
万历十八年，皇长子朱常洛虚岁已经九岁了，可还没有出阁讲学，于是群臣上疏，要求皇长子出阁讲学，实际上是变相承认朱常洛的太子地位。
面对群臣的上疏，万历皇帝以皇长子年龄太小，经不起典礼折腾为由塞糖过去了。
<h1 class="pgc-h-arrow-right">申时行想和稀泥，两边都不得罪</h1>
申时行一贯善于和稀泥，左右逢源。
雒于仁给万历上《酒色财气四筬疏》指责万历日夜贪酒、好色，贪财还乱发脾气，把万历气的半死。结果在申时行的调和之下，仅仅把雒于仁被罢官了之，既使万历消了气，又使群臣满意，保全了雒于仁，又不牵连其他，申时行和稀泥的水平，由此可见一斑。
在立太子这件事上，申时行虽然希望皇长子能顺利继续，却不想因此得罪万历皇帝和郑贵妃。因而在皇帝和大臣中间辗转腾挪，艰难走着钢丝。
在群臣的一再要求下，万历皇帝只得表态，等到皇长子十五岁，就册立为太子。不过有个前提条件，在皇长子十五岁之前，任何人不许再提这件事。
下诏日：“朕不喜激聒。若明岁廷臣不复渎扰，当以后年册立，否则俟皇长子十五岁举行。”（明史·申时行传）
等皇长子朱常洛快十五岁的时候，工部主事张有德忽然上疏要求册立太子，这下正中万历皇帝下怀，万历以群臣违约为由，把立太子之事延期了一年。
这下子大臣们不干了，内阁次辅许国拉着其他几位阁员写了封奏章，由于当时申时行不在内阁，于是许国便代签了申时行的名字。
果然，接到奏章的万历皇帝非常生气，下诏斥责内阁首辅申时行两面派，耍滑头。申时行只好给皇帝写了封密信解释。在密信里，申时行告诉万历皇帝，既然已经决定册立太子了，就要按部就班去做，怎么能因为一两个人的话就改变主意呢。
时行密上封事。言：“臣方在告，初不预知。册立之事，圣意已定。有德不谙大计，惟宸断亲裁，勿因小臣妨大典。”（明史·申时行传）
本来申时行想的是，写封密信，给皇帝解释解释，顺便把自己撇出去。结果万历皇帝并不这样认为，在万历看来，解释就是掩饰，掩饰就是下一次欺骗的开始，因此故意将密信以公文的形式传给了内阁，这下许国等内阁成员都看到了。
许国看到密信后，也认为申时行耍滑头，于是将它送交给给事中抄录公布，等于公开了密信内容。
这下群臣激愤，再加上密信中有一句“勿因小臣妨大典”，彻底点起了众怒，于是大家纷纷弹劾申时行。
活了一辈子稀泥，当了一辈子好人的申时行终于成了众矢之的。万历十九年，申时行辞去首辅职位，告老还乡。