《黑客帝国2：重装上阵》是2003年上映的科幻动作电影，由基努·李维斯、劳伦斯·菲什伯恩、凯瑞-安·莫斯等主演，并由中国动作演员邹兆龙饰演先知的助手塞拉夫。
影片承接上一部剧情，尼奥复活后蜕变成了救世主，但他对自己是否是救世主还是很困惑，为此他再次返回矩阵去见先知，先知道答案......
影片由尼奥的噩梦开始。在梦中，尼奥看见自己深爱的崔妮蒂从高楼坠下，并被电脑特工的子弹击中。这仅仅是他的担心吗，或者是他所预见的未来？
从人类世界最后的城市锡安，传来议会的命令，命令所有反抗军的飞船返回锡安，商议如何对抗机器的进攻。但是，墨菲斯不顾全员返回的命令，留下一艘飞船，以备万一先知与他们联系。会议被电脑特工的突袭所打断，好在尼奥轻易地将他们打败。墨菲斯和尼奥得以安全回到了锡安城。
尼奥大战病毒版本史密斯
“我真的是救世主吗？”对这个问题始终困扰着尼奥，为了寻找答案他返回矩阵，他通过了塞拉夫的测验，终于再见到了先知，并从她那里得到确认。先知告诉尼奥，这是一个选择的问题，只有到达程序的源头，才能拯救锡安，但是要先找到开锁匠，就是制钥师。先知还告诉尼奥制钥师被美罗文基恩囚禁着。在先知与塞拉夫离开之后，原本已被删除的特工史密斯再次出现，他现在有了复制自己的能力，而且他的能力也有了很大的提高，尼奥与史密斯展开了一场艰苦的大战，无数个史密斯源源不断地从不同的方向进攻，尼奥使出了浑身解数也未能摆脱史密斯，最后尼奥奋力一跃直飞云霄，这才逃出了史密斯的包围。
寻找制钥师
像影子一样的病毒兄弟
墨菲斯、尼奥和崔妮蒂一起找到了扣押制钥师的梅罗文基恩那里，但他拒绝放人。但是就在尼奥他们在离去的路上，他们被美罗文基恩的妻子帕拦住，她以尼奥一吻为交换，将他们带到了制钥师那里。就在他们要带走制钥师时，美罗文基恩和病毒兄弟出现了。尼奥被美罗文基恩困在在了遥远的雪山城堡，而墨菲斯和崔尼蒂带着制钥师驾车逃跑，在公路追逐中，病毒兄弟死死咬住墨菲斯他们不放，就在墨菲斯他们与病毒兄弟纠缠之际，电脑特工也发现了他们，也来抓捕墨菲斯他们，经过激烈的交手，墨菲斯和制钥师搭乘的卡车与特工驾驶的发生相撞，就在他们要被火海吞没时，尼奥及时飞到，救了墨菲斯和制钥师。
制钥师告诉他们，要想进入程序源头，必须找到一扇隐藏的门，而这扇门被很严密的系统保护着，必须切断27个街区电源才能破坏保护系统。于是墨菲斯、墨菲斯等人兵分三路，两队人马去破坏电力设备，墨菲斯、尼奥和制钥师去寻找那扇隐藏的门。但在破坏电力系统的过程中出现了意外，一艘飞船被机器攻击，进入矩阵的船员也被杀死，电力设备没有完全被破坏掉。可是墨菲斯几人已经进入保安系统，他们对电力恢复并不知道。为了保护墨菲斯他们，崔妮娣决定自己独自一人去破坏那处电力设备。同时，墨菲斯他们在保安系统中竟然见到了前电脑特工史密斯，他现在正在疯狂地追杀尼奥，而且他也想进入程序的源头，去控制整个机器世界，随即一场恶战展开，史密斯凭借的复制的能力，制造出无数的史密斯，对墨菲斯他们展开围攻，乱战中制钥师找到了程序的后门，千钧一发之际尼奥带墨菲斯冲进门内，所有史密斯拔枪射击，很不幸制钥师被打中了，制钥师在他的最后时刻交给尼奥那把隐藏之门的钥匙，尼奥进入了隐藏之门。崔妮娣那边也成功破坏电力设备，保证了墨菲斯他们的安全，但她自己也被特工追击，身处危险之中。
尼奥见到了架构师
尼奥见到了程序之源-架构师。从构架师那里得知，还有5个尼奥曾经来过，还知道了先知是直觉程序，用来研究人类心智，她被架构师比喻为矩阵之母。原来锡安城的居民都是选择抗拒命运人，构架师认为他们会威胁到矩阵的安全，要摧毁锡安。而救世主的作用就是在这时回到程序源头，将自己的部分代码注入主程序，并从矩阵中选择出重建锡安的人，如果不这样做，系统会出现灾难性崩溃，杀死所有与矩阵链接的人，加上锡安的毁灭，人类将彻底毁灭。这时构架师告诉尼奥，崔妮娣也在矩阵中并且身处险境，他给尼奥两个选择，一个去拯救锡安，一个是拯救崔妮娣，同时人类也会毁灭。尼奥选择了后。
尼奥回到了飞船，将构架师的话告诉了墨菲斯，大家都不相信，不相信锡安会被摧毁，不相信先知的预言也是机器的另一种控制方式。就在大家沉默纠结之时，机器追杀上门，用炸弹摧毁了墨菲斯的飞船，幸亏尼奥及时建议离开飞船，大家才得以幸免于难。但是对抗机器人的战斗就要正式展开，尼奥可以成为真正的救世主吗？......
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