所謂的八旗旗主，其實是個習慣稱呼，在清朝時期并沒有“旗主”這樣的正式職位，實際上旗主是對于旗内掌握佐領數量最多的管理者的一個說法而已。
在整個清代，絕大多數的旗主其實都姓愛新覺羅，而上三旗的旗主則是皇帝本人，下五旗的旗主與其中的其他佐領，也大多數都出自宗室，其祖上往往也都是皇子。
早期的八旗制度起源于女真人的狩獵編制，努爾哈赤時代整頓建立了八旗制，八旗各旗都設立有掌管該旗的人員，稱作是旗主。
在後金時代，汗王與女真貴族之中的顯赫者，都各自掌管着不同的旗，擔任着旗主。
努爾哈赤時期，努爾哈赤本人執掌正黃旗與鑲黃旗，而代善掌握正紅旗與鑲紅旗，皇太極管理正白旗，杜度掌管鑲白旗，莽古爾泰掌管正藍旗，阿敏掌管鑲藍旗。
經過皇太極與後來多爾衮攝政的影響，八旗逐漸分成了上三旗與下五旗，其中鑲黃旗、正黃旗與正白旗為上三旗，其他的五個旗屬于下五旗。
上三旗屬于皇帝親兵，以鑲黃旗為尊，皇帝本身就是上三旗的旗主。
八旗制度下，三百丁為一個“牛錄”，五個牛錄為一個“甲剌”，五個甲剌為一個“固山”，而這裡的固山也就是“旗”，也就是說八旗制度也是等級森嚴如同金字塔形的。
至于旗主的問題，上三旗并不需要多猜想理會，因為上三旗就是皇帝的私屬親兵，誰做了皇帝誰就是上三旗的旗主，這是沒有任何懸念的。
隻不過，上三旗當中卻未必都是愛新覺羅家的子孫。
清朝真正屬于上三旗管轄的皇族，主要是得到恩賞的後妃與其娘家，未出嫁的公主與未封爵的皇子，還有皇太後的親族，除此之外，就沒有其他皇族了。
上三旗當中的公主與皇子，都是要沒有婚嫁的，公主倘若出嫁、皇子封爵成婚之後，他的旗籍也就會進行變更，而皇子主要就是前去下五旗當中。
雖說下五旗沒有上三旗與皇帝之間那麼親近，但仍舊是不能忽視的力量。
為了鞏固自身的實力，清朝時期往往會讓諸皇子到下五旗之中擔任職位，掌管若幹個佐領，每個旗内都有若幹佐領，而掌握最多佐領的人，就是旗主。
清朝的八旗制度是非常特殊的，八旗算是一種旗籍管理的制度，将所有人都編入旗籍當中以友善進行管理，這就有點類似于古代的保甲制度。
而八旗當中的人員，日後雖然出人頭地，但在旗主的跟前兒還是要低一等。
并非是說實際的地位要低于旗主，而更加類似于一種不成文的規矩，就像是宗族之内再厲害的子孫回到宗族裡，還是要對宗族長老們行禮，這才是八旗旗主為什麼厲害的原因。
畢竟八旗制度是維護清王朝江山的基礎，是以就算是下五旗，愛新覺羅家也并不會輕易放松撒手的，掌握多數佐領的，依舊是愛新覺羅家的子孫。
清朝時期，擔任實際旗主的人，多半都是宗室成員，基本沒有其他人。
旗主并非是世襲制，而是由皇帝進行任命賦職，皇子或者親王、郡王、貝勒等人受封得以執掌多數的佐領，那麼就自動成為了該旗的旗主。