兩者的差別可從果實與味道兩個方面來說：一、龍眼果實飽滿、果肉圓潤多汁，呈白色，外皮是青褐色；而桂圓果實幹煸，果肉呈現黑色，外皮為深黑色。二、龍眼的口感滑嫩多汁，帶着一點甘甜與清香；而桂圓的口感比較甜膩，不适合單吃。
一、果實區分：同一水果因狀态不同，導緻叫法不同。龍眼所處的狀态是顆粒飽滿、水分充足、果肉為白色、外皮為青褐色。而龍眼名字的由來，是因為将外皮剝去之後，透過白色的果肉隐隐約約的能看見中間黑色的果核，其狀态就如龍眼的眼睛一般。桂圓則是将龍眼經過晾曬，使其脫水，果肉變成黑色，外皮變成深褐色時的狀态。
二、味道區分：龍眼是秋季的一種常見水果，吃起來的口感與荔枝有些相似，入口滑嫩，一口咬下去鮮嫩多汁，清香甘甜，如果将它放入冰箱冷藏，口感會更佳。但是龍眼是溫性水果，是以不宜多吃，以免上火。桂圓因為經過脫水處理，是以果肉幹煸，味道甜膩，吃起來還有一些粘牙。是以桂圓不易直接吃，而是要将它與紅棗、花生、銀耳、冰糖一起炖煮，這樣吃可補氣補血。