《萬曆十五年》是黃仁宇編著的曆史類著作，以明朝萬曆十五年（1587年）作為考察切入點，通過對關鍵曆史人物的描述，探析明朝帝國走向衰落的原因。其中講述的第二個曆史人物是萬曆皇帝的首輔申時行。
申時行（1535年—1614年），字汝默，号瑤泉，晚号休休居士，明嘉靖四十一年狀元。曆任翰林院修撰、禮部右侍郎、吏部右侍郎兼東閣大學士、首輔、太子太師、中極殿大學士。
申時行
1、申時行似機緣巧合任首輔
1562年，申時行在299名殿試及第的進士中高中狀元，并按例授翰林院修撰。此後他在翰林院任職達15年，官至侍讀，并升轉兵部及禮部侍郎，在職僅7個月，即被命為大學士。
萬曆二年（1574年），萬曆10歲的時候，寫下了“責難陳善”四個字當場賜給申先生，意思是希望他的老師（申時行）能規勸他的過失，提出有益的建議。申時行感到很榮幸。
1582年，張居正逝世之後，繼任者為張四維。但是不出一年，張四維的父親也不幸去世，張四維隻能離職丁憂。在此期間，申時行代理首輔。
張四維在居喪将滿之時又突然患病。較申時行資深望重的大學士馬自強和呂調陽也已病死，如此，資格最淺的大學士申時行便順理成章地成了當朝首輔。
在擔任首輔時，他仍然擔負着規劃皇帝就讀和經筵的責任。
2、初任首輔時候的風雨飄搖
申時行初任首輔的兩年内，也曾感到風雨飄搖。當時正處于對張居正的清算時期，而申時行由張居正推薦入閣，他與張居正曾關系密切。
在申時行前任8個首輔中，隻有李春芳和張四維可謂能全始終，其他翟銮、夏言、嚴嵩、徐階、高拱和張居正6人，或遭軟禁，或受刑事處分，或死後仍被追究。歸根結底，這是源于文官集團中的沖突。
在1583年的夏天到1585的夏天，文官們對申時行的攻擊已經展開。從質問為何張居正的4個兒子中，3個中進士，2個入翰林院開始，逐漸到針對申時行的長子申用懋，再彈劾吏部尚書楊巍，繼而參劾禮部尚書徐學谟，再有高啟愚一案……步步緊逼。對着這布置周詳的攻擊，申時行險些垮台。
萬曆皇帝把種種迹象聯系起來，逐漸明白了這些檢舉參劾的真實用意，他們中有好幾個是三輔王錫爵主持會試的門生，想要搞垮申時行和許國，繼而擁護王錫爵擔任首輔。而王錫爵明智且冷靜，他不接受這樣的擁戴，上書稱贊首輔申時行。
如此，申時行穩定了自己的首輔之位。數月之後，萬曆懲處相關人員，張居正一案的餘波，才完全結束。
3、萬曆懶政，首輔無奈
萬曆十五年（1587年），申時行52歲，他已感到未老先衰。
1586年的新秋，23歲的皇帝開始出現懶政行為時，申時行感到傷心，他曾寫信給朋友訴苦，說他處于無可奈何的境地。
然而申時行并不是一個容易灰心的人，訴說完畢後，他仍然繼續執行他首輔的職責，請求陛下以社稷為重，經筵決不可長期停止，太祖洪武皇帝，經筵講到70歲仍然堅持不息。
申時行用恕道待人，又鼓勵誠信，期望各人自動地各盡其能地補救罅隙。推廣誠意的方式是經常不斷地舉行禮儀，講解“四書”和其他經史，但是如今申時行已經不能勸說萬曆皇帝出席他應該主持的禮儀了，經筵也久被擱置。
皇帝的行為令申時行感到不安，然而他無可奈何。